Jr. Pac-Man'in oynanışı öncekilere çok benziyor: Oyuncu, Jr. Pac-Man'i (animasyon pervaneli bir bere takıyor) kontrol ediyor ve labirentteki tüm Pac-Dots'u yiyerek puan kazanıyor, dört hayalet onu labirentin etrafında kovalıyor ve öldürmeye çalışıyor.
Oyuncu, hayaletleri maviye çevirmek için bir enerji verici yiyebilir, onları kısa bir süre için savunmasız hale getirebilir ve oyuncunun ekstra puan için onları yemesine izin verebilir.
Labirent temizlendiğinde, yeni bir labirent sunulacak ve oyun devam edecek.